Podatnik VAT jest zobowiązany prowadzić rejestry zakupu oraz sprzedaży VAT i na ich podstawie na koniec okresu rozliczeniowego (może się rozliczać miesięcznie bądź kwartalnie) sporządzić deklarację VAT, w której wykaże podatek należny i naliczony. Gwoli przypomnienia: kwotę podatku należnego stanowi suma kwot podatku określonych przez podatnika w fakturach wystawianych przez niego dla udokumentowania wykonanych czynności podlegających opodatkowaniu.
Kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku określonych w fakturach otrzymanych przez podatnika, dokumentujących nabycie towarów i usług, a w przypadku importu – suma kwot podatku wynikająca z dokumentu celnego. W przypadku wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów kwotę podatku naliczonego stanowi podatek należny z tytułu tego nabycia. Prawo do obniżenia w danym okresie rozliczeniowym kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, obejmuje nabycie towarów i usług, które związane są z wykonywaniem przez niego czynności opodatkowanych.
W przypadku gdy podatek należny jest wyższy niż naliczony, przedsiębiorca musi zapłacić różnicę w terminie, w którym składa deklarację (maksymalnie do 25. dnia miesiąca następującego po okresie, za który się rozlicza).
Jeśli jednak okaże się, że podatek VAT naliczony jest wyższy niż podatek VAT należny, to podatnik ma dwie możliwości – zwrot podatku lub przeniesienie na następny okres rozliczeniowy. Zwrot na rachunek powinien nastąpić w ciągu 60 dni od dnia złożenia deklaracji podatkowej (termin podstawowy), chyba że zostanie wszczęte postępowanie wyjaśniające. Naczelnik urzędu skarbowego podejmuje wówczas decyzję o przedłużeniu ww. okresu. Jeśli podatnik za dany okres rozliczeniowy nie wykaże żadnej sprzedaży (nawet nieopodatkowanej), a jedynie zakupy (czyli nie wystąpi podatek należny, a jedynie naliczony), to urząd skarbowy ma prawo przedłużyć termin zwrotu podatku do 180 dni. Podatnik ma prawo do starania się o zwrot w tym terminie pod warunkiem, że wszystkie faktury wykazane w deklaracji są opłacone. Konieczne jest również załączenie do deklaracji wniosku z uzasadnieniem skróconego terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Złożenie wniosku o przyspieszony zwrot podatku w terminie późniejszym niż termin złożenia deklaracji może stanowić dla organów podatkowych podstawę do odmowy dokonania zwrotu w terminie 25 dni.
Warto zwrócić uwagę, iż z zestawienia przepisów ustawy o podatku VAT i Ordynacji podatkowej można wywnioskować, że nawet w przypadku decyzji podatnika o bezpośrednim zwrocie kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za dany okres rozliczeniowy, organ podatkowy przede wszystkim przeanalizuje zaległe i bieżące zobowiązania podatnika. Z urzędu zostaną one „pokryte” z kwoty deklarowanego zwrotu.
Konkludując, należy uważnie prowadzić rejestry VAT, na podstawie których podatnik – przedsiębiorca – wylicza podstawę opodatkowania podatkiem VAT, bądź skorzystać w tym zakresie z pomocy profesjonalnej kancelarii, która doradzi również w kwestii ewentualnego zwrotu VAT.